کروماتوگرافی کایرال شامل جداسازی ایزومرهای فضائی (stereoisomers) است. در مورد آنانتیومرها (enantiomers)، اینها هیچ تفاوت شیمیائی یا فیزیکی جز این که تصاویر آینهای سه بعدی هستند، ندارند.